1. Pembelajaran dilaksanakan secara integral, yakni internalisasi nilai-nilai Islam ke dalam seluruh mata pelajaran  secara total (100 % agama-100% umum) sehingga dikotomi antara ilmu pengetahuan Islam (agama) dengan ilmu pengetahuan umum tidak ada lagi, keduanya saling berhubungan secara fungsional (fungsional corelation).
  2. Guru yang Profesional. Apabila seorang guru tidak punya sikap profesional maka siswa/santri yang di didik akan sulit untuk tumbuh dan berkembang dengan baik. Dengan adanya guru yang profesional dan berkualitas maka akan mampu mencetak anak bangsa yang berkualitas pula.
  3. Siswa/santri  dibimbing agar senantiasa melaksanakan kegiatan peribadatan seperti: shalat  fardlu lima waktu berjamaah di masjid,  shalat  tahajjud, shalat Dhuha, shalat  sunnah rowatib, membaca Al-Qur’an, dzikir harian, dll.
  4. Lingkungan yang Kondusif, semua elemen yang ada terlibat dalam proses pendidikan. Aktornya tidak hanya guru atau bisa dibalik, gurunya bukan hanya guru mata pelajaran, tapi semua orang dewasa yang ada di asrama adalah guru.
  5. Waktu belajar tidak terbatas – 24 jam sehari, waktu beristirahat dan bersantai terkontrol dan terukur.
  6. Program Pelayanan Paripurna, program pendidikan yang komprehensif-holistic dari program pendidikan keagamaan, academic development, life skill (soft skill dan hard skill) sampai membangun wawasan global.
    1. Terkontrol dari pengaruh sosial yang membawa efek negatif di dalam kehidupan. Karena seluruh elemen yang ada di Almanar Azhari, membantu atau bahkan menggantikan fungsi kontrol orang tua di dalam kehidupan bermasyarakat.
  7. Konsep Moving Class, Proses pembelajaran melalui Moving Class akan lebih bermakna karena setiap ruang/laboratorium mata pelajaran dilengkapi dengan perangkat-perangkat pembelajaran sesuai dengan karakteristik mata pelajaran.
    1. Proses pembelajaran menggunakan prinsip pembelajaran aktif, kooperatif dan kontektual (active, cooperative and contextual learning).